Avec plus de 300 ans d’écart le constat sur la construction, notamment les soubassements de l’église, est le même. Selon les archives, au moment de sa construction de 1684 à 1690, le chantier était recouvert en permanence par les eaux de mer entre deux travaux, à savoir l’édification des murs sur une base saline. Olivier Weets, architecte en chef des Monuments Historique cite en 2004 : « Le monument a bénéficié de plusieurs campagnes de travaux d’assainissements et de mise hors d’eau. Malgré ces différentes interventions, les problèmes dus à la situation de l’église dont les façades est et sud plongent dans la mer persistent : forte remontées capillaires d’eau de mer – l’eau et le sel se conjuguant pour provoquer d’importantes altérations des maçonneries – »
Le constat aujourd’hui est particulièrement sévère à l’est de l’édifice : à l’extérieur le long de la nef pierres et briques sont mises à nues, plus flagrant encore sur le chevet extérieur le mortier qui jointe les pierres a largement disparu, ces dernières présentant des saillies 20 cm. Le chevet intérieur en est sérieusement affecté, très visible de part et d’autre du retable avec la mise en danger du retable lui-même. Le retable est l’un des joyaux de l’art baroque catalan et français, l’église en est son écrin et fait partie de celles en Roussillon qui abritent les œuvres prestigieuses du genre comme celle de Louis Genéres à Baixas, Lazare Tremullas à Perpignan et bien sûr Josep Sunyer à Collioure (1702), Prades, ou l’ermitage de Fond Romeu. Un ensemble unique dans le bassin méditerranéen.